吉林省公路管理局下设14个科(室)：
1.办公室（信访办公室）
2.综合规划科 （公路交通战备管理办公室）
3.建设管理科
4.养护管理科
5.路政法制科
6.农村公路管理科
7.技术管理科
8.科技信息科
9.安全监督管理科
10.收费管理科
11.路网运行管理中心
12.财务审计科
13.人事教育科
14.党委办公室
