省编办在《关于吉林省航道队更名等事宜的批复》（吉编办〔2001〕152号）文件中批复我局主要职责是：负责全省内河、界河航道管理，依据国家和省有关航道管理的规定对违法行为进行处罚；组织实施航道建设、整治、疏浚、航标设置和维护工作；拦河、跨河、临河建筑物的通航标准审批；负责中朝国境河流航运合作委员会例会的外事工作。
省编制委员会在《关于省航道队启用省水运工程定额站名义的批复》（吉编事字〔1991〕98号）中批复:“同意省航道队启用省水运工程定额站名义”。
目前，省编办在《关于吉林省交通运输厅所属事业单位机构编制的批复》（吉委编事字〔2019〕28号）文件中批复吉林省航道管理局（吉林省水运工程定额站）不再承担内河、界河航道管理等行政职能。
